Soluções da Life Technologies para o sequenciamento de regiões problemáticas

Você já se deparou com sequências que não consegue ler completamente no seu sequenciador de DNA? Por exemplo sequências ricas sem conteúdo GC e sequências homopolímericas? (Figura 1). Esse tipo de sequência dificilmente é analisado com confiabilidade quanto se faz uma reação de sequenciamento tradicional, usando o BigDye v3.1 ou o BigDye v1.1, sem qualquer aditivo ou modificação. A DNA polimerase desses kits de sequenciamento tem propriedades intrínsecas que dificultam a sua performance através dessas regiões do DNA e levam a falhas na amplificação.

Figura 1. Cromatograma mostrando uma região rica em bases G, na qual a polimerase tem dificuldade amplificar o DNA, impossibilitando a leitura da sequência nessa região. 

Para melhorar a performance do sequenciamento dessas regiões, a Life Technologies comercializa algumas soluções que podem facilitar o seu trabalho e melhorar os seus resultados. Se o seu problema em sequenciamento é causado pela existência de repetições de bases G, que tal experimentar o dGTP BigDye® Terminator Cycle Sequencing Kit (Figura 2). 

Figura 2. Região problemática para o sequenciamento tradicional (cromatograma superior), mas que pode se analisada usando o BigDye dGTP (cromatograma inferior).

Veja algumas características desse kit:

• Otimizado para sequenciamento de regiões GT- e G-rich;
• Uso da AmpliTaq® DNA Polymerase, com melhor performance;
• Substitui dITP por dGTP.

Já se o seu desafio é o sequenciamento de regiões homopoliméricas, principalmente ricas em conteúdo AA e TT (Figura 3), nosso dRhodamine DyeTerminator Cycle Sequencing Kit é a solução recomendada. Veja algumas características desse Kit são:

• Otimizado para sequenciamento de regiões homopoliméricas (AA´s, TT´s, etc);
• Uso da AmpliTaq® DNA Polymerase, com melhor performance;
• Menor background.

Figura 3. Região rica em repetições AA e TT, que pode ser lida com maior facilidade usando o  dRhodamine DyeTerminator Cycle Sequencing Kit.

Opcionalmente, você ainda pode usar SEQUENCERx Enhancer, um um co-solvente que facilita o sequenciamento de regiões ricas em GC, repetições diretas ou invertidas, hairpins e/ou curtas repetições de nucleotídeos. Veja algumas das suas características:

• Adicionado ao mix de reação - protocolos tradicionais de termociclagem da reação de sequenciamento;
• Melhora o sinal de regiões problemáticas. Aumenta o tamanho das leituras nessas regiões;
• Compatível com as químicas  BigDye terminator v3.1 e v1.1 em todas as plataformas de sequenciamento.