Ion Torrent Sequencing

Semiconductor Chip

O sequenciamento por Chips Semicondutores é a nova tecnologia da Life Technologies. Através da detecção da alteração do pH provocada pela liberação de íons hidrogênio (H+) durante a polimerização do DNA, o sistema Ion Torrent é capaz de determinar a sequência da molécula em estudo, transformando o sinal químico em sinal digital. A simplicidade do sistema, que elimina a necessidade de utilização de nucleotídeos modificados, de lasers, scanners e câmeras elimina inúmeras etapas propensas a erros e garante uma alta acurácea ao sistema (99,5% no dado bruto). A tecnologia atual permite a obtenção de até 100 M bases de dados em uma única corrida e consume não mais de 2 horas no equipamento. O sistema garante ainda uma cobertura homogênea da sequência em estudo, até mesmo em regiões difíceis de sequenciar, como regiões ricas em conteúdo GC e regiões de homopolímeros.

Personal Genome Machine

Foi através desta tecnologia que o genoma da cepa de E. Coli, responsável pelo surto recente na Europa, foi elucidado, permitindo a identificação rápida e precisa desta cepa letal. Leia aqui matéria original sobre este trabalho High-Speed Connecticut Technology Decodes Deadly E. Coli Strain. O impacto e a importância desta tecnologia pode ser resumidos nas palavras de Paul Pescatello, CEO da CURE, uma organização para biociências em  Connecticut - USA, "In some ways, it's the future of medicine," "It's the ability to understand what disease people have, what bacteria, what virus they're afflicted with by actually mapping the genome of the virus."

O Jornal da Band também exibiu uma matéria sobre o trabalho de caracterização do genoma desta bactéria. Assista a repostagem no link: http://videos.band.com.br/Exibir/Alemanha-diz-que-bacteria-nao-esta-em-pepino-espanhol/2c9f94b630297d9901304d534290161b?channel=587.

Desde o seu lançamento, pela Life Technologies, em abril, várias outras reportagens e artigos tem sido publicas com a tecnologia do sistema Ion Torrent. Na ultima semana, a revista Nature publicou uma nota intitulada Chip chips away at the cost of a genome, na qual faz um apanhado geral sobre esta nova tecnologia e suas perspectivas. Além disso, publicou um artigo completo, An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing, no qual o idealizador desta tecnologia, Jonathan M. Rothberg, juntamente com seus colaboradores, descrevem o sistema Ion Torrent.

A revista norteamericana Wired, que aborda questões envolvendo tecnologia e sua influência sobre a sociedade, cultura, economia e política, publicou uma matéria intitulada How accurate is the new Ion Torrent genome, really?, na qual avalia o potencial desta nova plataforma de sequenciamento.

O Jornal da Ciência, da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência, também publicou uma reportagem na qual avalia o potencial do Sistema Ion Torrent na corrida pelo genoma humano por 1.000 dólares. Leia a reportagem na integra: http://www.jornaldaciencia.org.br/Detalhe.jsp?id=78490

Conheça nossa tecnologia. Acesse o site Ion Torrent Sequencing.

Genoma da Batata

A ultima edição da revista Nature (vol. 475, n. 4355) publicou os resultados do projeto genoma da batata (Solanum tuberosum L.) obtidos pelo consórcio The Potato Genome Sequencing Consortium. 

"The genome of the potato (Solanum tuberosum L.), a staple crop vital to food security, has been sequenced. The Potato Genome Sequencing Consortium sequenced a homozygous doubled-monoploid potato clone as well as a heterozygous diploid clone. Genome analysis reveals traces of at least two genome duplication events and genes specific to Asterids, a large clade of flowering plants of which the potato is the first to be sequenced. Gene presence/absence variants and other potentially deleterious mutations are frequent and may be the cause of inbreeding depression. The genome sequence will facilitate genetic improvements in the potato with a view to improving yield and to increasing disease and stress resistance of this crop, which is a now a significant component of worldwide food production and is becoming increasingly important in the developing world."

Leia o artigo completo no link: http://www.nature.com/nature/journal/v475/n7355/full/nature10158.html