segunda-feira, 31 de outubro de 2011

Portifólio Life Technologies – Soluções Complementares em Sequenciamento

O progresso da ciência está aliado ao desenvolvimento de ferramentas e tecnologias que permitam aos cientistas aventurar-se por campos ainda não explorados ou se aprofundar em temas já bastante estudados. Dentre os ramos da ciência, a genética é uma das áreas que progride de forma mais acelerada e a Life technologies acompanha esse progresso, lançando novos produtos e tecnologias que dão suporte à pesquisa genética.
Nossos sequenciadores de eletroforese capilar garantem confiabilidade e praticidade para analise de alvos específicos, testes e confirmação. Com nossas plataformas de sequenciamento de segunda geração, PGM-Ion Torrent e 5500 SOLiD, é possível sequenciar genomas completos, dos mais simples aos mais complexos, em uma única corrida.
Acesse nossas páginas e fique por dentro de todos os lançamentos e aplicaçoes de cada plataforma!

O Panorama da Pesquisa Biomédica no Brasil - Nature Medicine


"...The number of biomedical publications with at least one Brazil-based author nearly tripled over the past decade, from around 4,500 papers in 2000 to close to 13,000 last year, according to data compiled for Nature Medicine by the University of São Paulo's André Frazão Helene. And even though the country churns out only a little over 2% of the world's biomedical output at present, that small number belies a larger trend toward innovative drug development and translational science. In the pages that follow, we highlight some of the strengths of Brazilian biomedicine and many of the challenges that lie ahead."




A revista científica Nature Medicine, em sua última edição, decidiu destacar o avanço da pesquisa em biomedicina no Brasil em reportagem de capa.
"O Brasil pode ser mais conhecido pelo Carnaval, pelas praias de areia dourada e pelos jogadores de futebol, mas a pesquisa sobre novas terapias para doenças está começando a colocar o país no mapa da ciência", diz a introdução da série de reportagens.
A publicação internacional destaca, do lado positivo, o aumento de investimentos e os planos de desenvolver novas drogas no país.
Do lado negativo, a "Nature Medicine" avalia que a burocracia e as restrições ao acesso a produtos da biodiversidade são desafios.

quarta-feira, 14 de setembro de 2011

57º Congresso Brasileiro de Genética reuniu os maiores pesquisadores do Brasil e do Mundo


Homenagem às personalidades históricas da Genética e foco no futuro das pesquisas

O 57º Congresso Brasileiro de Genética reuniu cerca de 2 mil participantes do Brasil e do exterior entre inscritos e convidados, para debater todo o conhecimento já desenvolvido no setor e os próximos desafios. A área de Genética é ampla e foi importante para o sucesso do evento ter representantes de cada uma das suas subdivisões. Resultados importantes foram obtidos a partir dos debates sobre a diversidade genética dos animais, a evolução, bioinformática, efeitos de transposição do genoma humano ou bacteriano, o mecanismo do envelhecimento, inativação do cromossomo X, desenvolvimento e uso de plantas transgênicas, novas abordagens de produção de vacinas, produção de células-tronco, entre outros.

A participação de grandes nomes da história das pesquisas em Genética, como os geneticistas Werner Arber e Willy Beçak, reforçou o compromisso do evento em celebrar a evolução científica. “O congresso foi amplo e de excelente nível científico, sempre propiciando a discussão de temas de fronteira na ciência”, comemorou o Prof. Carlos Menck, presidente da Sociedade Brasileira de Genética (SBG). O pesquisador Willy Beçak emocionou os congressistas contando como a sua história de liderança científica mudou o modo de fazer pesquisa no Brasil. Já o geneticista suíço Werner Arber deu um grande exemplo de como uma pessoa pode se transformar no ganhador da maior premiação científica, o Prêmio Nobel de Medicina, e ainda ser humilde e curioso.

O Congresso contribuiu para reforçar o debate sobre a ciência e reafirmar a pesquisa brasileira como foco internacional. De acordo com o geneticista, “é importante mostrar que podemos fazer bons trabalhos e melhorar cada vez mais o nível científico”. Este assunto foi debatido em um simpósio que contou com a participação de Helena Nader, presidente do SBPC; Glaucius Oliva, do CNPq; Jorge Guimarães, da CAPES e Carlos Brito Cruz, da FAPESP. Neste momento foram levantadas várias dificuldades que impedem o crescimento da qualidade das pesquisas no Brasil. Entre as mais impactantes foram citadas a dificuldade de importação, excesso de tempo despendido para administração e resolução de problemas das instituições, as vantagens e desvantagens dos sistemas de avaliação científica, definidos de acordo com cada agência, entre outros.

Estudantes, professores e pesquisadores pelo futuro da Genética

Os estudantes tiveram um importante papel durante as atividades. Cerca de dois terços dos participantes eram estudantes de graduação e pós-graduação na área de Ciências Biológicas. “Mesmo com um pouco de dificuldade pelo nível das informações, este é um aprendizado positivo, eles são nossos futuros pesquisadores”, explica Menck. “Parte das atividades foi realizada em inglês, que é o idioma universal de divulgação científica e para esses estudantes é importante já se familiarizarem com os termos e a língua”. Um ponto interessante do evento foi o jantar com os pesquisadores, onde os estudantes tiveram a oportunidade de conversar informalmente com profissionais brasileiros e de outros países, por intermédio da SBG.

A formação de novos geneticistas e prática do ensino da disciplina nas escolas foram temas de mesas-redondas, em que cerca de 250 professores e pesquisadores debateram sobre o funcionamento da ciência, como é o processo científico e como a visão do professor sobre a disciplina influencia a sua forma de ensinar. Para Menck, “este evento canalizou a preocupação da SBG com a boa formação dos estudantes a respeito do tema Genética”.

Durante o Congresso, os professores da rede estadual de ensino médio participaram de mais uma edição do Projeto Genética na Praça, uma experiência inovadora que visa aproximar o ensino da pesquisa. Foram 91 Professores Coordenadores da Oficina Pedagógica (PCOPs), que não atuam diretamente em sala de aula, mas dão apoio à docência de outros profissionais e disseminarão a iniciativa em outras regiões do Estado de São Paulo, além de mais 300 professores.

“A iniciativa rendeu ótimos resultados. Os professores interagiram, criticaram, estabeleceram contatos e trocaram experiências de uma forma muito descontraída. Os estudantes de graduação e pós-graduação também apresentaram trabalhos voltados para a prática do ensino e, mesmo com ainda pouca vivência em sala de aula, obtiveram bom retorno sobre as suas propostas profissionais, com boa desenvoltura”, explica o Prof. Felipe Bandoni de Oliveira.

Uma ferramenta de ensino 2.0

Os participantes do evento ainda tiveram a oportunidade de conhecer um pouco mais da mais recente ferramenta de ensino da SBG: O portal Saiba Mais Sobre Biotecnologia. Conteúdo online gratuito para estudantes, professores e quem mais tiver interesse e curiosidade em entender melhor o que é e quais são as aplicações possíveis para a manipulação genética, como a biotecnologia, vegetais transgênicos, animais transgênicos, terapia gênica e células-tronco.

Conheça mais sobre genética, terapia gênica e biotecnologia, acesse o Portal Saiba Mais Sobre Biotecnologia

SBG lançou o portal “Saiba Mais Sobre Biotecnologia”, com conteúdo online gratuitopara estudantes, professores e quem mais tiver interesse e curiosidade em entender melhor o que é e quais são as aplicações possíveis para a manipulação genética. O portal já nasce como uma importante ferramenta de apoio a estudantes e professores de Ensino Médio, cursinhos, universidades e é dividido em cinco áreas: biotecnologia, vegetais transgênicos, animais transgênicos, terapia gênica e células-tronco.

Qualquer um pode se inscrever: basta acessar o site, cadastrar-se e começar a estudar.Acesse: http://saibamaisbiotec.com.br/

Sobre a SBG

Sociedade Brasileira de Genética (SBG) reúne, desde 1955, geneticistas brasileiros e todas as pessoas interessadas em assuntos relacionados à genética. É filiada à Sociedade Brasileira Para o Progresso da Ciência e tem atualmente 1287 associados, entre professores, pesquisadores e profissionais ligados à centros de pesquisa, universidades, fundações e empresas. A entidade publica livros e edita duas revistas, assinadas pela elite da genética brasileira: Genetics and Molecular Biology, publicação científica internacional, e a Genética na Escola, voltada para professores de Ensino Médio e Superior. Visite:www.sbg.org.br.

domingo, 21 de agosto de 2011

Sequenciamento de DNA - The Best Keeps Getting Better

A técnica de sequenciamento é uma das técnicas moleculares mais confiáveis, pois dispomos de ferramentas de bioinformática que permitem verificar a qualidade de todas as bases que constituem a sequência em estudo. Os dados gerados pela técnica de sequenciamento, além de permitirem a identificação de novas mutações, servem como parâmetro para a elaboração e a avaliação de outros métodos moleculares empregados no estudo dos mesmos genes, como por exemplo, a PCR-SSP (Polymarase Chain Reaction - Sequence Specific Primer), PCR-SSOP (Polymerase Chain Reaction - Sequence Specific Oligonucleotide Probe) e até mesmo para o desenvolvimento de ensaios específicos, como os ensaios TaqMan®, para estes genes.

O primeiro passo para obter bons resultados de sequenciamento é uma boa extração de DNA. Um DNA puro e integro é fundamental. Dentre os diversos protocolos de extração e purificação de ácidos nucleicos, os Kits da linha PureLink™ Genomic DNA, da Invitrogen, permitem a obtenção de material de alta qualidade. Já o método TRIzol® Plus, que combina o método orgânico com a purificação por colunas, também da Invitrogen, permite a obtenção de grandes quantidades de material, além de uma excelente qualidade.

Tendo um bom DNA genômico extraído, você consegue otimizar um bom protocolo de PCR, que proporcione especificidade e quantidade suficiente de DNA para a reação de sequenciamento. Nessa etapa, a purificação e a quantificação do produto de PCR são essencias. O protocolo de purificação do produto de PCR precisa eliminar todos os dNTPs e os primers que nao foram incorporados durante a PCR. Para esta purificação da PCR, os Kits da linha PureLink™ PCR Purification são muito eficientes. O Kit MicroSEQ™ ID Purification Combo Kit 2 combina a purificação enzimática do produto de PCR (tratamento com Exonuclease I e Fosfatase Alcalina de Camarão) e a purificação da reação de sequenciamento por colunas, e é uma excelente alternativa. A quantificação do produto de PCR é um passos mais críticos, pois para cada tamanho de fragmento que se pretende sequenciar, há uma quantidade indicada de material de partida para a reação de sequenciamento. O sitema Qubit® utiliza o método fluorimétrico para quantificação específica de diferentes moléculas (por exemplo, DNA dupla fita).
Com o produto de PCR purificado e quantificado, você pode realizar a reação de sequenciamento utilizado os Kits BigDye® Terminator Cycle Sequencing Kits v1.1 e v3.1, que são Kits muito estáveis e que fornecem resultados muito consistentes. Você também pode optar pelo Kit BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit, que utiliza primers universais M13 para a reação de sequenciamento, garantindo bons resultados desde as primeiras bases do seu fragmento de interesse, e diminui seu tempo de trabalho, eliminando alguns processos, como a etapa de purificação do produto de PCR.

Para injeção da reação de sequenciamento no sequenciador, é ainda necessário a precipitação da reação, para eliminar os sais e outros resíduos da reação de sequenciamento. Embora os protocolos manuais para essa precipitação geralmente funcionem bem, eles são muito demorados e propensos a erros. Uma excelente opção, para obter melhores resultados e em menor tempo, é o Kit BigDye XTerminator® Purification Kit, com o qual a precipitação é feita em único tubo e sem perda de material e que utiliza módulos de injeção específicos, para evitar que o capilar mergulhe na “sujeira” precipitada.

Para mais informações consulte a nossa página para eletroforese capilar: http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/dna-sequencing-fragment-analysis.html

domingo, 24 de julho de 2011

Ion Torrent Sequencing

Semiconductor Chip
O sequenciamento por Chips Semicondutores é a nova tecnologia da Life Technologies. Através da detecção da alteração do pH provocada pela liberação de íons hidrogênio (H+) durante a polimerização do DNA, o sistema Ion Torrent é capaz de determinar a sequência da molécula em estudo, transformando o sinal químico em sinal digital. A simplicidade do sistema, que elimina a necessidade de utilização de nucleotídeos modificados, de lasers, scanners e câmeras elimina inúmeras etapas propensas a erros e garante uma alta acurácea ao sistema (99,5% no dado bruto). A tecnologia atual permite a obtenção de até 100 M bases de dados em uma única corrida e consume não mais de 2 horas no equipamento. O sistema garante ainda uma cobertura homogênea da sequência em estudo, até mesmo em regiões difíceis de sequenciar, como regiões ricas em conteúdo GC e regiões de homopolímeros.

Personal Genome Machine
Foi através desta tecnologia que o genoma da cepa de E. Coli, responsável pelo surto recente na Europa, foi elucidado, permitindo a identificação rápida e precisa desta cepa letal. Leia aqui matéria original sobre este trabalho High-Speed Connecticut Technology Decodes Deadly E. Coli Strain. O impacto e a importância desta tecnologia pode ser resumidos nas palavras de Paul Pescatello, CEO da CURE, uma organização para biociências em  Connecticut - USA, "In some ways, it's the future of medicine," "It's the ability to understand what disease people have, what bacteria, what virus they're afflicted with by actually mapping the genome of the virus."

O Jornal da Band também exibiu uma matéria sobre o trabalho de caracterização do genoma desta bactéria. Assista a repostagem no link: http://videos.band.com.br/Exibir/Alemanha-diz-que-bacteria-nao-esta-em-pepino-espanhol/2c9f94b630297d9901304d534290161b?channel=587.

Desde o seu lançamento, pela Life Technologies, em abril, várias outras reportagens e artigos tem sido publicas com a tecnologia do sistema Ion Torrent. Na ultima semana, a revista Nature publicou uma nota intitulada Chip chips away at the cost of a genome, na qual faz um apanhado geral sobre esta nova tecnologia e suas perspectivas. Além disso, publicou um artigo completo, An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing, no qual o idealizador desta tecnologia, Jonathan M. Rothberg, juntamente com seus colaboradores, descrevem o sistema Ion Torrent.

A revista norteamericana Wired, que aborda questões envolvendo tecnologia e sua influência sobre a sociedade, cultura, economia e política, publicou uma matéria intitulada How accurate is the new Ion Torrent genome, really?, na qual avalia o potencial desta nova plataforma de sequenciamento.


O Jornal da Ciência, da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência, também publicou uma reportagem na qual avalia o potencial do Sistema Ion Torrent na corrida pelo genoma humano por 1.000 dólares. Leia a reportagem na integra: http://www.jornaldaciencia.org.br/Detalhe.jsp?id=78490

Conheça nossa tecnologia. Acesse o site Ion Torrent Sequencing.

quarta-feira, 20 de julho de 2011

Genoma da Batata

A ultima edição da revista Nature (vol. 475, n. 4355) publicou os resultados do projeto genoma da batata (Solanum tuberosum L.) obtidos pelo consórcio The Potato Genome Sequencing Consortium. 

"The genome of the potato (Solanum tuberosum L.), a staple crop vital to food security, has been sequenced. The Potato Genome Sequencing Consortium sequenced a homozygous doubled-monoploid potato clone as well as a heterozygous diploid clone. Genome analysis reveals traces of at least two genome duplication events and genes specific to Asterids, a large clade of flowering plants of which the potato is the first to be sequenced. Gene presence/absence variants and other potentially deleterious mutations are frequent and may be the cause of inbreeding depression. The genome sequence will facilitate genetic improvements in the potato with a view to improving yield and to increasing disease and stress resistance of this crop, which is a now a significant component of worldwide food production and is becoming increasingly important in the developing world."

terça-feira, 17 de maio de 2011

Você sequencia?

Quais são as aplicações do sequenciador no seu laboratório? Seu ABI faz muito mais que sequenciar.

O primeiro método de sequenciamento de DNA foi desenvolvido entre os anos de 1976 e 1977, pelos químicos Allan Maxam e Walter Gilbert, e baseava-se no tratamento do DNA, extraído do organismo ou célula de interesse, com substâncias químicas que clivavam a molécula em sítios específicos, dependendo da sua constituição de bases. 

A descoberta da estrutura do DNA em 1953, por Francis Crick e James Wattson, a partir da qual foi proposto um mecanismo fiel para cópia do material genético, serviu como base para o desenvolvimento de técnicas moleculares consagradas, como a PCR e o método enzimático de sequenciamento. 

Esse método de sequenciamento, desenvolvido por Frederick Sanger em 1977, e que lhe rendeu o prêmio nobel de química em 1980, baseia-se na terminação da cadeia crescente de DNA e utiliza dideoxinucleotídeos (ddNTPs), que quando são incorporados na fita de DNA, pela polimerase, interrompem o seu alongamento. Esses ddNTPs diferem dos deoxinucleotídeos normais (dNTPs) por possuírem um radical H ligado ao carbono 3 da pentose (açucar associado à molécula de DNA), enquanto os dNTPs possuem um radical OH nesta posição. Inicialmente os ddNTPs eram marcados com isótopos radiotaivos (32P ou 35S), que permitiam a sua detecção quando expostos a um raio X. 

A descoberta das moléculas fluorescentes, no final dos anos 1980, e o desenvolvimento dos sequenciadores automáticos de DNA, levaram a automatização da técnica de sequenciamento e a sua utilização em pesquisas nos mais variados campos das ciências biológicas. Atualmente, com todas as suas variações, o sequenciamento é uma das técnicas mais utilizadas não apenas na pesquisa, mas também no diagnóstico de doenças e condições fisiológicas e na identificação de patógenos.

Quais as linhas de pesquisa do seu laboratório? Você explora todas as possibilidades do seu sequenciador ABI? Veja abaixo as aplicações testadas e validadas para nossas plataformas de sequenciamento. Siga o link de cada plataforma e verifique em detalhes as suas especificações e aplicações.


Plataforma

Número de Capilares
96
48
24
8
16
4
1
Aplicações compatíveis:
(V) Validado; (A) Demonstrado pela AB; (C) Demonstrado por clientes; (N) Não suporta
BAC End Sequencing
V
V
V
V
V
V
V
Checking Clone Constructs
V
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V
V
V
V
V
De NovoSequencing
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V
V
V
V
V
Heterozygote Detection & Resequenicng (SNP-based)
V
V
V
V
V
V
A
HLA Typing
V
V
V
V
V
V
C
Methylation
V
V
V
V
V
V
C
mtDNA Sequencing
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V
V
V
Resequencing
- Comparative Genomics
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V
- Indels
V
V
V
V
V
V
V
SAGE™ Method
C
C
C
C
C
C
A
SNP Analysis
V
V
V
V
V
V
V
General Sizing of PCR Products
V
V
V
V
V
V
V
Fragment Length Polymorphism
- AFLP
V
V
V
V
V
V
V
- RFLP
A
A
A
A
A
A
A
Large Fragment Analysis
- BAC Fingerprinting
A
A
A
A
A
A
N
- VNTR
C
C
C
C
C
C
C
Microsatellite
- Genotyping
V
V
V
V
V
V
V
- Analysis for Forensics/HID
N
V
V
V
V
V
V
- Instability/RER
A
A
A
A
A
A
A
Chimerism Studies
C
C
C
C
C
C
C
Conformation Analysis
- SSCP
N
N
N
N
A
A
V
Relative Flourescent Quantitation
- Loss of Heterozygosity (LOH)
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V
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V
V
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V
SNP Genotyping
- SNaPshot® System
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A
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V
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V
- SNPlex™ System
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N
N
DNA Protein Binding Assays & DNA Fingerprinting
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C

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